USB キーボードが使えたとしても、そのままでは IME の切替がキーボードで出来ません。
IME の ON/OFF をするには以下のレジストリを変更する必要があります。

こちらのレジストリファイルダウンロードして PocketPC 上の TRE で読みこませてください。( PC に読ませてはダメですよ。)

レジストリを読み込ませれば USB キーボードの Ctrl + Space で IME の ON/OFF が出来ます。

キーはこちらです。

[HKEY_CURRENT_USER\Control Panel\Input Method\Hot Keys\00000030]
"VK"=dword:20
"KM"=dword:C002
"Ime"=dword:e0010804

デフォルトはこちら、
[HKEY_CURRENT_USER\Control Panel\Input Method\Hot Keys\00000030]
"VK"=dword:00000019
"KM"=dword:0000C001
"Ime"=dword:e0010411